Я привожу писание нескольких наиболее симпатичных мне программ для отрисовки графов. Их существует значительно больше. Если кто использовал какую-либо такую программу, раскажите. Особенно интересно, какая задача была с помощью такой программы решена.
GraphViz

Про GraphViz уже вспомнили в комментариях. Ну и я могу рассказать о GraphViz больше всего, потому что я в итоге пользовалась именно им.
Программа сурова и аскетична, непривычный вид для виндового пользователя. 

Прежде чем начать работать лучше почитать хелп, который лежит в директории  GraphViz/doc. Интуитивно понятный интерфейс вас там не ждет. На самом деле GraphViz - это набор из нескольких программ, я пользовалась одной из них, dotty. dotty умеет считывать граф из текстового файла, где граф преставлен в несложном формате, и красиво выводит его на экран. Если что-то не понравится, узлы можно подвинуть, подправить самостоятельно. Здесь же можно добавить/удалить узлы, можно вообще здесь же граф нарисовать. Если зарыться в документацию, то можно узнать, что dotty делает иерархическую раскладку, а GraphViz умеет и другие, но можно в это и не вникать. Это идеальное решение, если хочешь просто нарисовать граф, не забивая себе голову деталями, раскладками и т.п. 
У меня граф лежал в виде списка узлов и переходов в базе данных. Я написала небольшой скрипт, который вытягивал этот граф из базы и писал его в текстовый файл в формате, понятном dotty. Потом скармливала этот граф dotty. Мне вполне этого хватило.
Как написано у них на сайте, отрисованный граф можно экпортировать в графические форматы, SVG, Postscript. Экспортом я не пользовалась, мне надо было только распечатывать.
Есть варианты под Windows, пэкаджи для Линукса, разных Юниксов, MacOS. Есть исходники.
Следующими программами я не пользовалась, цитирую то, что написано у них на сайте.
yEd
yEd построена на базе java-библиотеки для отрисовки графов под названием yFiles. Библиотека не бесплатна, а вот программа yEd бесплатная. Интерфейс красивый, на сайте много скриншотов с отрисованными графами. Пользователей затравливают красивыми картинками.
Есть экспорт в форматы SVG, WMF, BMP, JPG и GIF.

Поддерживает различные алгоритмы отрисовки, вот пара примеров, на сайте их значительно больше.
| 
  Органическая раскладка
 
 | 
  Ортогональная раскладка.
 
 | 
Примеры отрисовки больших графов.
 | 
   Большая кластеризованная сеть
 
 | 
   Большая сеть отрисована в круговой раскладке
 
 | 
| 
   Древовидная стукрура, 10000 узлов
 
 | 
   Большая карта сети, отрисованная в органической раскладке
 
 | 
aiSeeЭто уже за деньги, но есть 30-дневная урезанная триал-версия. Ее можно получить для некоммерческого использования, но некоммерческая версия тоже урезана.
Очень настаивают на том, что программа оптимизирована для отрисовки очень больших графов, до сотен тысяч узлов и работает с ними очень быстро. Для таких графов предусмотрен фолдинг (схлопывание групп узлов в один узел).

Что представляет собой особенный интерес - есть версия сайта на русском. И очень интересный пример графа я там откопала. Они перевели карту московского метрополитена в формат GDL (graph description language), в котором они хранят все графы, и отрисовали. То, что у них получилось, уж больно похоже на официальную карту метрополитена.
Умеет экспортировать в форматы SVG, PNG и HTML.
Есть версии для Windows, Linux, Solaris, и Mac OS X.
Это были программы, которые умеют делать двумерную раскладку. Следующие отрисовывают граф в трех измерениях. Картинка получается очень красивой, но большой практической пользы от них я не вижу. Для создания Вау! эффекта на презентациях они подходят хорошо, но анализировать информацию, таким образом представленную, на мой взгляд неудобно. Поэтому кратко:
Обе написаны на Java с использованием 
Java3D, у обеих исходники открытые.
Проектов по отрисовке графов огромное количество. Постоянно появляются новые, старые умирают. Вот несколько ссылок на проекты, которые не вошли в мой рассказ.
GVF - The Graph Visualization FrameworkGraph VisualisationuDraw(Graph)Comp.compilers: tools for graph visualization - summary. Очень старое обсуждение программ для отрисовки графов.
Это продолжение рассказа об отрисовке графов. Начало можно найти тут: 
Нарисовать граф красиво.